Ce que nous savons faire

Pourquoi une variété d’igname résiste-t-elle mieux à l’anthracnose qu’une autre ? Quels champignons aident les racines d’une plante à mieux se nourrir ? Le pôle Biologie travaille sur ce type de questions.

C’est le plus grand pôle de l’unité en nombre d’agent·es permanent·es. Il réunit plusieurs disciplines de la biologie végétale : phytopathologie, génétique, biologie du sol et épidémiologie.

Chercheur·ses, ingénieur·es et technicien·nes y mettent en commun des savoir-faire très variés :

• biologie moléculaire et cellulaire ;
• microbiologie ;
• bioinformatique et biométrie ;
• sélection assistée par marqueurs ;
• élevage de nématodes.

Ces compétences servent les projets de l’unité en agroécologie et en santé globale, dans une approche « Une seule santé ».

Nos laboratoires et équipements

• Biologie moléculaire : extraction de l’ADN et de l’ARN, PCR pour détecter les pathogènes, étude de gènes d’intérêt, génotypage par microsatellites, analyse sur gel ou sur QIAxcel.
• Microbiologie : culture des champignons pathogènes des plantes, étude des mycorhizes, clonage de fragments d’ADN avant séquençage.
• Culture in vitro : 5 chambres de culture. Le laboratoire conserve en vitroplants la collection d’ignames et les hybrides issus de la sélection variétale. On y introduit aussi de nouvelles ressources génétiques, on y produit des plants pour le phénotypage et on y assainit les collections.
• Biologie des sols : isolement et caractérisation de la microfaune et de la macrofaune du sol, élevage de nématodes.
• 6 chambres climatiques : sevrage des vitroplants avant leur passage en serre ou au champ, et bioessais pour tester la résistance des plantes aux bioagresseurs.

Des collections uniques dans la Caraïbe

Le pôle conserve quatre collections, précieuses pour la recherche comme pour le patrimoine des Antilles.

• La collection d’ignames in vitro : 416 accessions de 11 espèces cultivées, dont la plus grande collection de Dioscorea trifida, une igname endémique du bassin amazonien. Elle fait partie du Centre de Ressources Biologiques Plantes Tropicales, géré avec le CIRAD.
• L’herbier de Guadeloupe : plus de 14 000 parts représentant environ 2 300 espèces végétales. Connu dans le monde entier sous le nom « GUAD », c’est le plus important herbier des Petites Antilles.
• La collection d’insectes : plus de 60 000 spécimens, dont une centaine d’holotypes (les spécimens de référence qui servent à décrire une espèce). Elle réunit les insectes collectés par les chercheur·ses du centre INRAE Antilles-Guyane et une collection acquise par le Conseil général de la Guadeloupe. Les boîtes sont conservées dans une salle aux conditions contrôlées.
• La collection de Colletotrichum : commencée au début des années 1990, elle rassemble une cinquantaine de souches de champignons responsables surtout de l’anthracnose de l’igname. Chaque souche est issue d’une seule spore.